1.頭城水產動植物繁殖保育區 2.蘇澳水產動植物繁殖保育區 3.小湖漁業資源保育區 4.水璉漁業資源保育區 5.石梯坪漁業資源保育區 6.高山漁業資源保育區 7.豐濱漁業資源保育區 8.鹽寮漁業資源保育區 9.古寧頭鱟水產動植物繁殖保育區 10.車城水產動植物繁殖保育區 11.琉球水產動植物繁殖保育區 12.國立海洋生物博物館資源培育區 13.灣瓦保育區 14.基隆市水產動植物保育區 15.基隆市望海巷潮境海灣水產動植物繁殖保育區 16.貢寮水產動植物繁殖保育區 17.瑞芳水產動植物繁殖保育區 18.萬里水產動植物繁殖保育區 19.王功螻蛄蝦繁殖保育區 20.伸港(二)螻蛄蝦繁殖保育區 21.伸港螻蛄蝦繁殖保育區 22.小馬漁業資源保育區 23.小港漁業資源保育區 24.宜灣漁業資源保育區 25.富山水產動植物繁殖保育區 26.綠島漁業資源保育區 27.七美水產動植物繁殖保育區 28.小門水產動植物繁殖保育區 42.野柳水產動植物繁殖保育區 46.東澳水產動植物繁殖保育區 71.三仙礁水產動植物繁殖保育區

29.東沙環礁國家公園 31.墾丁國家公園 32.澎湖南方四島國家公園 35.台江國家公園

36.澎湖縣貓嶼海鳥保護區 37.澎湖縣望安島綠蠵龜產卵棲地保護區 38.棉花嶼、花瓶嶼野生動物保護區 39.桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區 40.馬祖列島燕鷗保護區

33.旭海-觀音鼻自然保留區 34.澎湖玄武岩自然保留區 43.澎湖南海玄武岩自然保留區 45.番仔石自然紀念物 47.馬公市西衛里之熔岩池、火山頸 70.海上孔子像自然紀念物

30.東北角暨宜蘭海岸國家風景區(海域資源保護區) 41.綠島海參坪至帆船鼻間海域資源保育區

48.北門重要濕地 49.卑南溪口重要濕地 50.曾文溪口重要濕地 51.香山重要濕地 52.八掌溪口重要濕地 53.高美重要濕地 54.朴子溪河口重要濕地 55.西湖重要濕地 56.花蓮溪口重要濕地 57.好美寮重要濕地 58.鹽水溪口重要濕地 59.大肚溪口重要濕地 60.七股鹽田重要濕地 61.無尾港重要濕地 62.新豐重要濕地 63.蘭陽溪口重要濕地 64.青螺重要濕地 65.清水重要濕地 66.許厝港重要濕地 67.菜園重要濕地 68.椬梧重要濕地 69.淡水河流域重要濕地

44.中華白海豚野生動物重要棲息環境